Распространение новой коронавирусной инфекции в субъектах Российской Федерации обусловлено последовательным вовлечением в эпидемический процесс различных групп восприимчивого местного населения с отличающимся иммунным статусом и, как следствие, сопровождается генетической изменчивостью вируса SARS-Cov-2, что в свою очередь может привести к формированию новых штаммов возбудителя. Стабилизация уровня заболеваемости населения и наметившаяся тенденция к ее снижению на фоне масштабных противоэпидемических (профилактических) мероприятий, в т.ч. прививочной кампании свидетельствует о необходимости изучения генетической вариабельности S-белка вируса SARS-Cov-2 являющегося основным компонентом вакцин в отдельно взятом субъекте Российской Федерации. В связи с этим, цель работы состояла в сравнительном анализе геномного разнообразия и полиморфизмов S-белка возбудителя COVID-19 циркулирующего на территории Орловской области. Исследовано 100 образцов биологического материала от больных COVID-19 зарегистрированных в Орловской области. Секвенирование проводили на приборе MiSeq (Illumina, США), сборка геномов осуществлялась путем выравнивания на референсную последовательность уханьского варианта вируса SARS-Cov-2. Установлено, что на территории Орловской области циркулируют штаммы возбудителя COVID-19 принадлежащие к ветви «B.1.1». Доминирующим вариантом для Орловской области является вариант B.1.1.130. В 54,1 % случаев в изученных образцах выявлен полиморфизм E484K Spike-белка, с которым ряд исследователей связывают уклонение от иммунного ответа макрорганизма.