Рассмотрена модель распространения вирусов в отдельных городах и в сети городов с учетом запаздывания, вызванного длительным инкубационным периодом вируса. Показано влияние эффектов запаздывания в сравнении с пандемиями без такого запаздывания. Выявлена временная асимметрия распространения инфекции, означающая, что время развития пандемии значительно превышает время ее завершения. Проведены модельные расчеты распространения вирусов в сети связанных между собой больших и малых городов и выявлены особенности динамики в сравнении с распространением вирусов в моногороде, в том числе возможность повторного инфицирования мегаполисов из внешнего резервуара инфекции. При выбранных параметрах запаздывания, длительность и амплитуда пандемии увеличивается в несколько раз по сравнению с пандемией вирусов с короткой инкубационной фазой.