Статья

Анализ геномного разнообразия SARS-CoV-2 и эпидемиологических признаков адаптации возбудителя COVID-19 к человеческой популяции (Сообщение 1)

Краснов Я. М., Попова А. Ю., Сафронов В. А., Федоров А. В., Баданин Д. В., Щербакова С. А., Кутырев В. В.,
2020

Цель – изучение эволюции генома вируса SARS-CoV-2 при адаптации к организму человека в период текущей пандемии. Материалы и методы. Использовалась база данных (GISAID) по нуклеотидным последовательностям геномов вируса SARS-CoV-2, полученных из образцов клинического материала в период с конца декабря 2019 по июль 2020 г. Построение филогенетических деревьев проводили с помощью программного обеспечения BioNumerics 7.6 с использованием алгоритма максимальной экономии (maximum parsimony). Результаты и обсуждение. Самым существенным устойчивым изменением в геномах вируса SARS-CoV-2 являются связанные единичные мутации в гене ORF1b (P314L) и гене S (D614G), в результате чего к настоящему времени подавляющее большинство выявляемых изолятов этого вируса имеет данную пару замен. Замена в гене S (D614G) многими исследователями ассоциируется со снижением патогенности содержащих ее штаммов, что, однако, может быть объяснено и улучшением методологии лечения больных в ходе пандемии. Влияние мутации в гене ORF1b (P314L) еще не изучено. Мутации P314L и D614G тесно связаны, и только их совместное присутствие в геноме дало преимущество для распространения данным геновариантам вируса SARS-CoV-2. Анализ обобщенных эпидемиологических данных свидетельствует о том, что распространение новых геновариантов вируса может быть связано с их биологическими свойствами, облегчающими передачу от человека к человеку, при этом ассоциированное снижение летальности может отражать не только прогресс в методах лечения, но и вероятное ослабление вирулентных свойств. Наблюдаемое увеличение потенциала распространения на фоне признаков снижения вирулентности, вероятно, является основной формой адаптации нового коронавируса к человеческой популяции и, повидимому, будет продолжаться в дальнейшем в виде интеграции SARS-CoV-2 в структуру сезонных возбудителей ОРВИ. 

Цитирование

Список литературы

Похожие публикации

Источник

Версии

  • 1. Version of Record от 2020-10-18

Метаданные

Об авторах
  • Краснов Я. М.
    ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
  • Попова А. Ю.
    Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека; Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования
  • Сафронов В. А.
    ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
  • Федоров А. В.
    ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
  • Баданин Д. В.
    ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
  • Щербакова С. А.
    ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
  • Кутырев В. В.
    ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Предметная рубрика
  • COVID-19
Название журнала
  • Problems of Particularly Dangerous Infections
Страницы
  • 70-82
Тип документа
  • journal article
Тип лицензии Creative Commons
  • CC BY
Правовой статус документа
  • Свободная лицензия
Источник
  • elpub