В современных условиях глобальных эпидемиологических вызовов для государственной системы здравоохранения особую роль приобретает системный подход к инжинирингу (проектированию) и реинжинирингу (перепроектированию) лечебно-диагностических процессов стационаров. При этом в фокусе особого внимания менеджмента стационаров находится решение задачи организации лечения пациентов с COVID-19 в условиях отсутствия проверенной клинической практики и динамично изменяющегося соответствующего информационного потока, а также необходимость оптимизации ресурсного обеспечения и повышения его оперативности в условиях активного роста количества новых случаев заболевания и отсутствия типовых решений по реорганизации работы стационаров, особенно неинфекционного профиля. В парадигме системного подхода эффективное управление лечебно-диагностическим процессом невозможно без глубокого анализа всех его элементов: от момента поступления пациента в стационар до момента завершения процесса лечения. Новизна COVID-19 и отсутствие клинической практики по лечению таких пациентов предопределили необходимость разработки комплексных стандартов лечебно-диагностических процессов и их автоматизации. Именно способ организации процесса для достижения целевого состояния пациента формирует требования к инфраструктуре и ресурсному обеспечению. В статье представлен опыт ГБУЗ «НИИ СП им. Н.В. Склифосовского ДЗМ» по организационной и информационной поддержке процесса диагностики и лечения пациентов с COVID-19.