Статья

Филогенетическая реконструкция начальных этапов распространения вируса SARS-CoV-2 на Евроазиатском и Американском континентах посредством анализа геномных данных (краткое сообщение)

Юрий Сергеевич Букин, Артем Николаевич Бондарюк, Сергей Владимирович Балахонов, Юрий Павлович Джиоев, Владимир Игоревич Злобин,
2021

Проанализированы 252 полных генома вируса SARS-CoV-2 первой волны (декабря 2019 - июль 2020 г.) пандемии COVID-19 из 21 страны мира, включая Россию, посредством Байесовского филогенетического метода с молекулярными часами. Используемая нами методика показала, что первые заболевшие COVID-19 в человеческой популяции появились в период с июля по ноябрь 2019 г. в Китае. Распространение SARS-CoV-2 из Китая по всем регионам мира произошло с декабря 2019 по начало февраля 2020 года. Появление вируса в России датируется второй половиной января 2020 года. Скорость эволюции кодирующей части генома SARS-CoV-2 равная в среднем 7.3×10-4 (5.95×10-4 – 8.68×10-4) нуклеотидных замен на сайт в год сопоставима со скоростями накопления замен в геномах других человеческих РНК-содержащих вирусах (Measles morbillivirus, Rubella virus, Enterovirus C). 252 complete genomes of the SARS-CoV-2 isolated during the first wave (December 2019 - July 2020) of the global COVID-19 pandemic from 21 countries of the world, including Russia, were analyzed using the Bayesian phylogenetic method with a molecular clock. Results showed that the first cases of COVID-19 in the human population appeared in the period between July and November 2019 in China. The spread of SARS-CoV-2 from China toward all regions of the world occurred from December 2019 to early February 2020. The appearance of the virus in Russia dates back to the second half of January 2020. The rate of evolution of the coding part of the SARS-CoV-2 genome equal to 7.3×10-4 (5.95×10-4 - 8.68×10-4) nucleotide substitutions per site per year is comparable to the rates of accumulation of substitutions in genomes of other human RNA viruses (Measles morbillivirus, Rubella virus, Enterovirus C).

Цитирование

Похожие публикации

Документы

Источник

Версии

  • 1. Version of Record от 2021-02-13

Метаданные

Об авторах
  • Юрий Сергеевич Букин
  • Артем Николаевич Бондарюк
  • Сергей Владимирович Балахонов
  • Юрий Павлович Джиоев
  • Владимир Игоревич Злобин
Тип документа
  • preprint
Тип лицензии Creative Commons
  • CC BY
Правовой статус документа
  • Свободная лицензия
Источник
  • covid19-preprints.microbe.ru